В основном это произошло за счет увеличения перевозок нефтепродуктов. В 1996 году нефтепродукты составляли 44% грузов, перевезенных через порты, в 2000 году — уже половину. Максимальный грузооборот был достигнут в 2006 году, когда он составил почти 50 миллионов тонн.
Департамент статистики Эстонии не упомянул среди причин резкого падения транзита в эстонских портах середины нулевых годов события апреля 2007 года, связанные с насильственным переносом властями страны мемориала советским воинам и памятника «бронзовый солдат» из центра Таллина.
По утверждению представителей департамента, основной причиной такого падения стал мировой экономический кризис 2008 года: «В результате мирового экономического кризиса объем морских грузовых перевозок также значительно сократился в 2007 и 2008 годах, когда объем перевезенных грузов составил 45 и 36 миллионов тонн соответственно».
По данным ведомства, минимальное количество было перевезено через порты Эстонии в 2016 году, когда оно составляло 34 миллиона тонн. С тех пор объем грузов постепенно увеличивался, и в 2019—2020 годах через порты было перевезено 37 миллионов тонн грузов.
Сообщается, что основными группами товаров, перевозимых через порты Эстонии, являются нефтепродукты, химическая продукция, древесина, продукция горнодобывающей промышленности и карьеров.
При этом перевозки нефтепродуктов за последние годы значительно сократились, но они по-прежнему составляют почти треть грузов, перевозимых через порты. Увеличились перевозки химических продуктов и различных видов товаров, перевозимых вместе в контейнерах, на каждый из которых уже приходится почти пятая часть перевозимых грузов.
