После распада Советского Союза стали создаваться границы между бывшими республиками СССР. Приказом Таможенного комитета СССР от 18 октября 1991 года № 164 «О создании новых таможенных органов» был образован Нестеровский таможенный пост, подчиненный Черняховской таможне, со штатной численностью 40 единиц.
В 1992 году пост получил новое название - Чернышевский, а его начальником был назначен Александр Анатольевич Васбулатов. В 2009 году МАПП Чернышевское был реконструирован, благодаря чему его пропускная способность возросла до 1500 автомобилей в сутки – 300 грузовых, 1150 легковых и 50 автобусов.
Сегодняшний МАПП Чернышевское можно по праву назвать восточными воротами области. Через пункт пропуска в Калининградскую область ввозится бытовая техника, грузовые и легковые автомобили, автозапчасти, строительные материалы, продукты питания, кондитерские изделия, бытовая химия, овощи, фрукты, а из региона вывозятся, в основном, крупный рогатый скот, новые легковые автомобили, рыба и морепродукты замороженные и охлажденные, консервы рыбные, телевизоры, мебель, спиртные напитки, воды (включая минеральные, лесоматериалы, гранулы и уголь древесные, торф, полиэтилен, янтарь-сырец, бумага. В настоящее время таможенным постом МАПП Чернышевское руководит полковник таможенной службы Константин Леонидович Новиков.
Штатная численность таможенного поста составляет 120 человек. Весомый личный вклад в организацию работы МАПП Чернышевское вносят: Виктор Ильин, Александр Лисов, Эдуард Гагуа, Александр Данилов, Игорь Юхимчук, Александр Носов, Леонид Гордиенко.
В 2021 году сотрудники поста оформили в обе стороны более 100 тысяч грузовых автомобилей и 5,5 тысяч легковых транспортных средств. Возбуждено почти 400 дел об административных правонарушениях.
