В связи с развитием Черноморского флота, предприятий рыбной промышленности и ростом судоходства через порты города Министерство внешней торговли СССР 19 февраля 1976 года издало приказ о создании в Севастополе таможни.
Ее начальником был назначен Леонид Рудкин, который руководил коллективом более 30 лет.
В советский период в состав таможни входили Симферопольский и Ялтинский таможенные посты, а ее штатная численность составляла 17 человек. Работая круглосуточно, учреждение обеспечивало бесперебойное оформление до 600 судов загранплавания в год, а таможенники демонстрировали достаточно высокие результаты в борьбе с контрабандой.
Сегодня Севастопольская таможня контролирует 152 км морской границы Российской Федерации. В ее составе два таможенных поста: в Инкермане и в Камышовой бухте.
